hard clipped base

Russian translation: жестко отсекаемое основание

11:49 Jul 22, 2019
English to Russian translations [PRO]
Science - Genetics / секвенирование
English term or phrase: hard clipped base
In literature when the inserted sequence is at the edges of the sequence it is also referred to as “soft clipped” (i.e. the nucleotides are not matching the reference but are kept in the aligned reads contrarily to “hard clipped” nucleotides which are discarded).

Существуют ли общепринятый термин на русском языке?
harser
Local time: 16:05
Russian translation:жестко отсекаемое основание
Explanation:
Соответственно, soft clipped - мягко отсекаемое основание (soft clipping = мягкое отсечение). Имеется в виду то, как учитываются те или иные основания, находящиеся на концах секвенированных последовательностей: жестко отсекаемые нуклеотиды отбрасываются, мягко отсекаемые остаются, что допускает определенное перекрывание концов последоватеьностей.

Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------

По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.
Selected response from:

Natalie
Poland
Local time: 14:05
Grading comment
4 KudoZ points were awarded for this answer



Summary of answers provided
5жестко отсекаемое основание
Natalie
3 +1Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде
Vadim Bogdanov


  

Answers


50 mins   confidence: Answerer confidence 3/5Answerer confidence 3/5 peer agreement (net): +1
Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде


Explanation:
soft clipped - Лишние нуклеотиды присутствуют в риде
См. Таблица 1.3, "СПОСОБЫ УСКОРЕНИЯ АЛГОРИТМА ВЫРАВНИВАНИЯ В АНАЛИЗЕ
БИОЛОГИЧЕСКОГО ГЕНОМА" (1-я ссылка).
И аналогичную таблицу для поля CIGAR по 2-й ссылке.
А также ссылку https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM.

--------------------------------------------------
Note added at 8 час (2019-07-22 19:49:51 GMT)
--------------------------------------------------

... в отличие от отдельных нуклеотидов, которые не присутствуют в риде... Как-то так.


    Reference: http://elib.spbstu.ru/dl/2/v18-5992.pdf/download/v18-5992.pd...
    Reference: http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
Vadim Bogdanov
Russian Federation
Local time: 16:05
Native speaker of: Native in RussianRussian
Notes to answerer
Asker: Спасибо!

Asker: То есть, если исходить из приведенного мной фрагмента, эту вставляемую последовательность иначе называют «Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде»? Как-то не вяжется.


Peer comments on this answer (and responses from the answerer)
agree  Michael Volia
48 mins
  -> Michael, спасибо!
Login to enter a peer comment (or grade)

1 day 20 hrs   confidence: Answerer confidence 5/5
жестко отсекаемое основание


Explanation:
Соответственно, soft clipped - мягко отсекаемое основание (soft clipping = мягкое отсечение). Имеется в виду то, как учитываются те или иные основания, находящиеся на концах секвенированных последовательностей: жестко отсекаемые нуклеотиды отбрасываются, мягко отсекаемые остаются, что допускает определенное перекрывание концов последоватеьностей.

Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------

По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.

Natalie
Poland
Local time: 14:05
Native speaker of: Russian
PRO pts in category: 176
Notes to answerer
Asker: Спасибо! Смысл мне был понятен, я хотел узнать общепринятый термин, если таковой существует.

Login to enter a peer comment (or grade)



Login or register (free and only takes a few minutes) to participate in this question.

You will also have access to many other tools and opportunities designed for those who have language-related jobs (or are passionate about them). Participation is free and the site has a strict confidentiality policy.

KudoZ™ translation help

The KudoZ network provides a framework for translators and others to assist each other with translations or explanations of terms and short phrases.


See also:
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search