Giovani VL, para este caso particular de la pregunta, "Setup" es configurar un equipo, dispositivo, máquina, es decir adecuarlo a las modalidades o modos en los que se quiere recibir o enviar información como actividad previa al ingreso de datos de trabajo.

Los "settings" son los valores o la data que le ingresamos a dichos equipos, o sea las variables que utilizará la configuración previa ese equipo para dar, estimar o esperar un resultado.
Espero que se aclaren las dudas. En otros temas, setting tiene otros significados.