Sugerencia

... a pesar de ser marrones y a pesar de que a mí nunca me gustaron los ojos marrones.

Marcar a fuego, en lenguaje figurado, es dejar una profunda huella en el alma. (Por eso lo puse solo entre paréntesis.)

Su mirada me marcó a fuego, aunque tenía ojos castaños y los ojos castaños no me gustaban.

Una alternativa más.

My take on this one.

Mi sugerencia:

"Su mirada incendió mi alma pese a que tenía ojos marrones,
¡y a mi no me gustaban los ojos marrones!¨

En primer lugar, tomando en cuenta las sugerencias anteriores, yo iría por ¨mirada¨en lugar de ¨ojos¨, ya que es un término más poético y estilístico utilizado con frecuencia en la literatura en español (en cambio en inglés rara vez decimos: His look... his gaze...).

Por otro lado, creo que decir que ¨incendió su alma¨ denota más que tan solo le hayan llamado la atención, o cautivado, sino que despertó algo en ella. Al menos es a lo que me remite la noción del fuego, despertar algo. En ese sentido creo que la palabra ¨incendió¨denota ese significado de despertó.

Otro detalle quizás menor, en mi ejemplo sugiero ¨ojos marrones¨ (natural en el español rioplatense) pero, dependerá de ti y del lector final, quizás sea más adecuado utilizar castaños u otro término más natural.

Finalmente, no olvides que utiliza signos de exclamación al final, que a mi entender ponen el énfasis en que no le gustaban los ojos (es mi interpretación).

Espero haber sido de ayuda.

Saludos!

Otro par las opciones que sustento a continuación.

Sus ojos inflamaron mi alma, aunque no eran azules, eran marrones, ¡y yo detestaba, por principio, los ojos marrones!

En plan más telenovelesco:
Aunque sus ojos eran marrones (color que yo siempre había detestado en los ojos), estos inflamaron de tal forma mi alma que no pude hacer otra cosa que rendirme a sus pies...

Todas las opciones aportadas hasta ahora me parecen buenas... me gusta “sus ojos incendiaron mi alma...” y la verdad es que me gustan todas... las versiones, entiéndase bien.

Sugiero usar “inflamar” porque creo que incluye una connotación de “descontrol”, es decir, en el contexto de todas tus preguntas y del libro en general, más que el registro poético, hace falta acentuar el registro “criminal”, el aspecto del “fraude” de la mentira... y de “hipnotización” (“amorosa”) de la víctima. Y viendo otra vez las opciones aportadas, creo que son muy buenas desde un punto de vista poético, (“que el alma que hablar puede con los ojos, también puede besar con la mirada”, que escribía don Gustavo Adolfo...) pero creo que es importante que “se filtre” la sombra de lo fraudulento...

(Creo que la versión de Beatriz “sus ojos se clavaron en mi alma” es la que sugiere el aspecto “canallesco” del tema...)

DRAE:
Inflamar
1. tr. Encender algo que arde con facilidad desprendiendo llamas inmediatamente. U. t. c. prnl.
2. tr. Acalorar, enardecer las pasiones y afectos del ánimo. U. t. c. prnl.

Moliner:
inflamar 2 ("de, en") tr. y prnl. También en sentido figurado: "Inflamar las pasiones. Inflamar a alguien de ira. Se inflamaron los ánimos". prnl. Particularmente, *entusiasmarse.

http://www.diclib.com/cgi-bin/d.cgi?p=inflamar&page=search&l...

Y ya lo decía la cancioncilla del noroeste de España...
Ollos verdes son traidores,
azules son mentireiros,
los negros y acastañados
son fírmes y verdadeiros.

Bueno, y ya lo decía don Alonso Quijano: “Cosas veredes, amigo Sancho”...

Suerte.