Hola David:
La traducción del término que preguntas sería: "sistemas de saneamiento".

La traducción de la frase completa sería:
filières d'assainissement non collectif
sistemas de saneamiento no colectivo

"autónomo" puede llevar a confusión con otras acepciones que tienen esta palabra.

Esta traducción te sirve a lo largo del texto:
Quelles sont les différentes filières d'installation ?
¿Cuáles son los diferentes sistemas de instalación?

Cette filière reste une des moins onéreuses
Este sistema sigue siendo uno de los más baratos

¡Mucha suerte!