below is how i'd explain the difference (in MALAY, because you asked for English to Malay):

reckon => mengira/mengagak/menjangka, yakni membuat perhitungan tentang sesuatu, tetapi tidak pasti sama ada benar atau tidak.

assume => MENGAGAK sesuatu sebagai benar tanpa bukti.

presume => MEMPERCAYAI sesuatu sebagai benar tanpa bukti.